[태그:] 구조생물학
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[Digital Crystallography] 실험 맵 없이도 가능한 고전 PDB의 부활: 10개 멀티 리간드·중금속·당사슬 복합체(1F88) 맵프리(Map-Free) 초정밀 재처리 실전기
1. 프롤로그: PDB 아카이브의 잊혀진 유산과 ‘Map-Free’의 가치 구조생물학의 황금기였던 1990년대부터 2000년대 초반까지 규명된 수많은 PDB 구조는 현대 신약개발과 생물학 연구의 핵심 자산입니다. 그러나 이 기념비적인 고전 구조들을 최신 CADD 가상 스크리닝(Virtual Screening)이나 분자동역학(MD) 시뮬레이션에 투입하려 할 때, 연구자들은 뜻밖의 기술적 장벽과 마주하게 됩니다. 실험 회절 데이터(Structure Factors)의 부재: 2000년대 초반 이전 등록된 구조 중…
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[Bioinformatics] 완벽을 넘어 정점으로: Top-tier X-ray 구조를 더 완벽하게 깎아내는 하이브리드 리파인먼트 파이프라인(HanJariFold V38.1) 가동기
안녕하세요. 구조생물학 및 계산화학을 연구하는 블로그입니다. 단백질 구조 정밀화(Structure Refinement) 파이프라인을 테스트할 때, 흔히 수행하는 벤치마크는 품질이 다소 떨어지는 모델(MolProbity 스코어 2.5~3.0 이상)을 정상 범주로 돌려놓는 예시입니다. 하지만 “이미 정점(Top-tier)에 도달해 있는 초고해상도 실험 구조를 가져와서, 실험 데이터 없이 물리 엔진의 힘만으로 미세한 스트레스까지 더 정밀하게 깎아낼 수 있을까?”라는 질문을 던진다면 어떨까요? 오늘은 자체 개발한…
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디지털 결정학(Digital Crystallography), 구조생물학의 임계점을 넘어 새로운 지평을 열다
구조생물학은 인류가 생명의 비밀을 분자 수준에서 들여다볼 수 있게 해준 가장 강력한 창이었습니다. X-ray 결정학부터 초저온 전자현미경(Cryo-EM), 그리고 최근 전 세계를 뒤흔든 대형 AI 예측 모델(AlphaFold, Boltz 등)에 이르기까지 우리는 수많은 단백질의 3차원 청사진을 빠른 속도로 손에 넣고 있습니다. 하지만 우리가 마주한 가상 공간의 진실은 여전히 미시적 한계를 안고 있습니다. 실험 구조는 거친 노이즈와 결정화…