[태그:] 구조생물학
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[Bioinformatics] 완벽을 넘어 정점으로: Top-tier X-ray 구조를 더 완벽하게 깎아내는 하이브리드 리파인먼트 파이프라인(HanJariFold V38.1) 가동기
안녕하세요. 구조생물학 및 계산화학을 연구하는 블로그입니다. 단백질 구조 정밀화(Structure Refinement) 파이프라인을 테스트할 때, 흔히 수행하는 벤치마크는 품질이 다소 떨어지는 모델(MolProbity 스코어 2.5~3.0 이상)을 정상 범주로 돌려놓는 예시입니다. 하지만 “이미 정점(Top-tier)에 도달해 있는 초고해상도 실험 구조를 가져와서, 실험 데이터 없이 물리 엔진의 힘만으로 미세한 스트레스까지 더 정밀하게 깎아낼 수 있을까?”라는 질문을 던진다면 어떨까요? 오늘은 자체 개발한…
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디지털 결정학(Digital Crystallography), 구조생물학의 임계점을 넘어 새로운 지평을 열다
구조생물학은 인류가 생명의 비밀을 분자 수준에서 들여다볼 수 있게 해준 가장 강력한 창이었습니다. X-ray 결정학부터 초저온 전자현미경(Cryo-EM), 그리고 최근 전 세계를 뒤흔든 대형 AI 예측 모델(AlphaFold, Boltz 등)에 이르기까지 우리는 수많은 단백질의 3차원 청사진을 빠른 속도로 손에 넣고 있습니다. 하지만 우리가 마주한 가상 공간의 진실은 여전히 미시적 한계를 안고 있습니다. 실험 구조는 거친 노이즈와 결정화…