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  • [오픈소스 발표] 초거대 리보솜도 OOM 없이 깎는 AI 단백질 구조 증류 엔진, HanjariFold2: CosmicDistiller 대공개!

    안녕하세요! 구조 예측 대회 CASP17이 한창 진행 중인 이번 주, 인공지능 단백질 구조 예측의 고질적인 기하학적 에러를 완벽하게 정제하고, 초고속으로 수화층을 형성해 주는 경량화 구조 정밀화(Refinement) 소프트웨어 HanjariFold2: CosmicDistiller Engine을 오픈소스로 전격 공개합니다! GitHub 저장소 바로가기: https://github.com/bghan2024/HanjariFold-endgame 라이선스: Apache License 2.0 (학술 및 상업적 이용 전면 허용, 출처 인용 필수) 💡 왜 CosmicDistiller인가? (개발 배경)…

  • 디지털 결정학(Digital Crystallography), 구조생물학의 임계점을 넘어 새로운 지평을 열다

    구조생물학은 인류가 생명의 비밀을 분자 수준에서 들여다볼 수 있게 해준 가장 강력한 창이었습니다. X-ray 결정학부터 초저온 전자현미경(Cryo-EM), 그리고 최근 전 세계를 뒤흔든 대형 AI 예측 모델(AlphaFold, Boltz 등)에 이르기까지 우리는 수많은 단백질의 3차원 청사진을 빠른 속도로 손에 넣고 있습니다. 하지만 우리가 마주한 가상 공간의 진실은 여전히 미시적 한계를 안고 있습니다. 실험 구조는 거친 노이즈와 결정화…

  • AI-Guided & Water-Mediated Next-Generation Refinement: 구조생물학의 ‘마지막 1마일’을 정복하다

    최근 몇 년간 딥러닝 기술은 단백질 및 핵산의 3차원 구조 예측 분야에 혁명적인 변화를 가져왔습니다. 예측의 위상학적 정확도는 비약적으로 상승했지만, 역설적으로 현장에서는 새로운 거대한 벽에 부딪히고 있습니다. 바로 AI 모델 특유의 ‘통계적 환각’으로 인해 발생하는 원자 간의 물리적 충돌(Steric Clash)과 기하학적 붕괴 현상입니다. 특히 800개가 넘는 잔기로 이루어진 거대 RNA 복합체나 DNA-단백질 하이브리드 구조에서는, 기존의…

  • [데이터 리포트] CRISPR-Cas9의 정밀화: AF3를 넘어 100th Percentile 무결성 달성

    단백질 구조 예측 AI인 AlphaFold3(AF3)는 혁신적인 도구이지만, 거대 핵산 복합체(Nucleoprotein) 시뮬레이션에서는 여전히 미세한 기하학적 오류를 남깁니다. 본 리포트에서는 유전자 가위로 잘 알려진 4UN3(Cas9-sgRNA-DNA 복합체)를 대상으로 HanjariFold ZENITH 엔진이 달성한 물리적 정제 성과를 팩트 중심으로 요약합니다. 1. 주요 지표 비교: AF3 원본 vs HanjariFold ZENITH 가장 객관적인 구조 검증 지표인 MolProbity 분석 결과, HanjariFold는 거대 복합체의…