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[Digital Crystallography] 50년 전 인류 최초의 단백질 구조가 16초 만에 부활하다: 미오글로빈(1MBN) 맵프리(Map-Free) 초정밀 증류 완결 리포트
1. 프롤로그: 생화학 교과서 1장의 주인공, 1973년 미오글로빈(1MBN)의 민낯 1958년 존 켄드루(John C. Kendrew) 경이 인류 최초로 3차원 분자 구조를 규명하여 1962년 노벨 화학상을 수상한 단백질, 향유고래 미오글로빈(Myoglobin). 모든 생화학 교과서의 단백질 입체 구조 단원 첫 페이지를 장식하는 역사적인 분자입니다. 그러나 1973년에 기탁된 고전 좌표 1MBN을 공식 구조 검증 도구인 Phenix MolProbity로 직접 측정해 보면…
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[Digital Crystallography] 실험 맵 없이도 가능한 고전 PDB의 부활: 10개 멀티 리간드·중금속·당사슬 복합체(1F88) 맵프리(Map-Free) 초정밀 재처리 실전기
1. 프롤로그: PDB 아카이브의 잊혀진 유산과 ‘Map-Free’의 가치 구조생물학의 황금기였던 1990년대부터 2000년대 초반까지 규명된 수많은 PDB 구조는 현대 신약개발과 생물학 연구의 핵심 자산입니다. 그러나 이 기념비적인 고전 구조들을 최신 CADD 가상 스크리닝(Virtual Screening)이나 분자동역학(MD) 시뮬레이션에 투입하려 할 때, 연구자들은 뜻밖의 기술적 장벽과 마주하게 됩니다. 실험 회절 데이터(Structure Factors)의 부재: 2000년대 초반 이전 등록된 구조 중…
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[오픈소스 발표] 초거대 리보솜도 OOM 없이 깎는 AI 단백질 구조 증류 엔진, HanjariFold2: CosmicDistiller 대공개!
안녕하세요! 구조 예측 대회 CASP17이 한창 진행 중인 이번 주, 인공지능 단백질 구조 예측의 고질적인 기하학적 에러를 완벽하게 정제하고, 초고속으로 수화층을 형성해 주는 경량화 구조 정밀화(Refinement) 소프트웨어 HanjariFold2: CosmicDistiller Engine을 오픈소스로 전격 공개합니다! GitHub 저장소 바로가기: https://github.com/bghan2024/HanjariFold-endgame 라이선스: Apache License 2.0 (학술 및 상업적 이용 전면 허용, 출처 인용 필수) 💡 왜 CosmicDistiller인가? (개발 배경)…