[태그:] HanjariFold
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[HanjariFold 리포트] AF3를 넘어 물리적 실체로: GPCR Heterodimer의 100th Percentile 달성
단백질 구조 예측의 시대를 연 AlphaFold3(AF3)는 놀라운 정확도를 보여주지만, 정밀한 신약 설계(Drug Discovery) 현장에서는 여전히 ‘물리적 노이즈’라는 숙제가 남아있습니다. 특히 구조적으로 복잡한 GPCR Heterodimer(AGTR1-APLNR) 모델에서는 원자 간의 충돌과 기하학적 왜곡이 더욱 두드러집니다. 본 포스팅에서는 HanjariFold ZENITH 엔진이 AF3의 초기 모델을 어떻게 ‘실행 가능한(Actionable) 고정밀 구조’로 변환시켰는지 그 팩트를 공개합니다. 1. 통계 데이터: “예측(Prediction)에서 실체(Reality)로” 가장…
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[단백질 구조 정밀화] AF3 모델의 한계를 넘어서: hanjarifold를 통한 EGFR 구조의 물리적 무결성 완성
최신 단백질 구조 예측 모델인 AlphaFold3(AF3)는 혁신적인 정확도를 보여주지만, 여전히 원자 수준의 미세한 steric clash(원자 간 충돌)나 기하학적 왜곡(Geometry outliers) 문제를 완벽히 해결하지 못하는 경우가 많습니다. 본 분석에서는 EGFR 구조를 대상으로 기본 AF3 모델과 이를 hanjarifold 엔진으로 정밀화(Refinement)한 모델의 MolProbity 데이터를 비교 검증하였습니다. 그 결과, hanjarifold가 단백질 구조의 물리적 타당성을 어디까지 끌어올릴 수 있는지 확인했습니다.…
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[단백질 구조 분석] EGFR_AF3 구조 모델 비교 평가: hanjarifold의 정밀도 분석
AlphaFold3(AF3)를 활용한 단백질 구조 예측에서 모델의 신뢰성을 확보하는 것은 매우 중요합니다. 오늘은 EGFR 구조 모델인 ‘EGFR_AF3_hanjarifold’와 기존 ‘EGFR_AF3’ 모델의 MolProbity 수치를 비교하여, 어떤 모델이 물리적으로 더 타당한 구조를 갖추고 있는지 분석해 보겠습니다. 1. 종합 평가 지표: MolProbity Score 및 Percentile 가장 먼저 확인해야 할 지표는 구조의 전반적인 품질을 나타내는 MolProbity Score입니다. 이 점수는 낮을수록 고해상도…
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“정제 후 농도가 0이라니…” 소중한 단백질과 시간을 지켜줄 EPRM Analyzer v2.4 공개
단백질 정제 실험을 마친 뒤, NanoDrop 앞에서 한참을 망설였던 기억이 있으신가요? 분명 서열은 문제가 없었고, 키트도 비싼 것을 썼는데 결과는 ‘농도 부족’. 며칠간의 노력이 물거품이 되는 그 허탈함은 연구자라면 누구나 한 번쯤 겪는 고통입니다. 이제 ‘운’이나 ‘직관’에 의존하는 정제는 그만두셔도 좋습니다. 단백질 서열의 물리화학적 성질을 꿰뚫어 보고, 실험실의 시스템 오차까지 계산해내는 EPRM(Effective Protein Recovery Mass)…
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MST 데이터 분석, 아직도 엑셀로 씨름하시나요? 논문급 Kd 피팅 스크립트 무료 공개
실험실에서 MST(MicroScale Thermophoresis) 장비를 써보신 분들은 공감하실 겁니다. 장비가 주는 원본 데이터는 훌륭하지만, 이를 논문에 쓸 수준으로 정리하는 과정은 결코 만만치 않습니다. “여러 번 반복 실험한 데이터를 어떻게 하나로 합쳐서 보여주지?” “이상치(Outlier) 하나 때문에 피팅이 꼬이는데, 이걸 객관적으로 제거할 방법은 없나?” “통계적으로 엄밀하게 ANOVA나 Bonferroni correction을 적용해야 하는데…” 이런 고민들을 해결하기 위해 제가 직접 개발하여…